FortiOS6.4.2 以上のバージョンでご利用が可能です。
※現時点のバージョンでは、CLIでの設定が必要です。

■参考資料
FortiGate IPoE設定ガイド(NTTコミュニケーションズ株式会社OCN IPoEサービス編)

IPoE インターフェースを利用したFortiGate SD-WAN 設定ガイド

各プロバイダーによってIPoEの接続方式が異なりますので、上記内容では接続できない場合もございます。